日本学術会議は、科学が文化国家の基礎であるという確信の下、行政、産業及び国民生活に科学を反映、浸透させることを目的として、昭和24年（1949年）１月、内閣総理大臣の所轄の下、政府から独立して職務を行う「特別の機関」として設立されました。職務は、以下の２つです。

科学に関する重要事項を審議し、その実現を図ること。
科学に関する研究の連絡を図り、その能率を向上させること。

政府から独立した立場で政策提言をする科学者の代表機関「日本学術会議」が新会員として推薦した候補者105人のうち、6人を菅義偉首相が任命しなかったことが明らかになった。「学者の国会」と呼ばれ、高い独立性が保たれる学術会議の推薦者を首相が任命しなかったのは、現行の制度になった2004年度以降では初めて。

　政府は拒否した理由を明らかにしていないが、6人の中には、安全保障関連法や「共謀罪」を創設した改正組織犯罪処罰法を批判してきた学者が複数含まれている。関係者の間では、学問の自由への政治介入との見方が広がっている。

　日本学術会議法は「優れた研究、業績がある科学者のうちから会員候補者を選考し、首相に推薦する」と定めており、推薦に基づき首相が会員（210人）を任命する。任期は6年で3年ごとに半数を改選している。

舛添氏は同会議の廃止を訴えており「東大助教授のとき、この組織が自分の研究に役立ったことはないからだ」と説明。

　続けて「首相が所轄する長老支配の苔むした組織など、新進気鋭の若い学者には無用の長物。首相は優秀な学者に個別に意見を聞けばよいし、政治的発言は各学者が個別に行えばよい。税金の無駄遣いだ」と自らの尺度でバッサリ切り捨てた。

「学者の国会」とされる同会議が推薦した候補者を首相が任命しなかったのは、２００４年度の法改正で会議が推薦する方式になって以降初めてのケースだが、この日、「昭和２４年施行の学術会議法では、会議は内閣総理大臣の所管だが『独立して職務』を行うとあり、独立性が担保。菅総理が勝手に人選できるものではない。勘違いも甚だしい。断固抗議します」と、まずつづった蓮舫氏。

　続けて「安倍総理、安倍内閣は忖度や政権に都合よく公文書改ざんした官僚を昇進させてきました。その官僚人事のように、独立した学術会議会員候補を扱った菅総理。『安倍政治を引き継ぐ』勘違いしか見て取れません」とチクリ。

元大阪市長で弁護士の橋下徹氏が４日夜、ツイッターに新規投稿。元日本弁護士連合会会長の宇都宮健児氏が、日本学術会議の新会員に推薦された６人の任命を菅義偉首相が拒否したことに対して「任命拒否権はない」と指摘し「天皇に総理大臣の任命権はあるが拒否権はないのと同じ」と説明したことを受け、「総理の拒否権は当然あり」と反論した。

内閣府が設けた国内科学者の組織「日本学術会議」は、かねてから日本の軍事研究を抑制してきた。しかし、自民党議員らは、同会は中国共産党の科学技術機関と連携しているとして、その矛盾を指摘している。

日本学術会議は1950年と67年に、「軍事目的の研究を一切禁じる」とする声明を出し、科学者が軍事技術に協力するのを抑制してきた。さらに、2017年に防衛省が軍事応用できる基礎研究に費用を助成すると発表したことに反発し、「国家安全保障の研究と学問の自由が緊張関係にある」として、前の2つの声明を引き継ぐ意向であるとした。

中国は2050年までに科学技術における世界のリーダーになることを目指している。党が民間の技術を軍事に利用することを定める「軍民融合」政策を実践しており、軍事改革のひとつと考えられている。このため、共産党体制の中国では政治目標と学術研究および軍事開発の境目が曖昧だ。

このため、中国の学術機関との連携にはリスクがあると議員らは指摘する。自民党・佐藤正久議員は、ツイッターで、「日本の軍民複合と言われる分野の基礎研究にさえ反対なのに、中国軍と縁のある研究は反対せず許容している。このことは、自民党内では保守系にかかわらず批判が多い。仮に同会議が中国と縁を切っても困るのは中国の方で日本ではない」と書いた。

読売新聞は5月、経済安全保障の強化策を練る自民党の「ルール形成戦略議員連盟」甘利明会長による関連会議内の発言を報道している。それによれば、「日本学術会議は軍事研究につながるものには一切協力しない、させないとしながら、中国との研究に協力するのは学問の自由だと主張し、政府は干渉するなと言っている」とその矛盾を指摘した。