内閣府が設けた国内科学者の組織「日本学術会議」は、かねてから日本の軍事研究を抑制してきた。しかし、自民党議員らは、同会は中国共産党の科学技術機関と連携しているとして、その矛盾を指摘している。
日本学術会議は1950年と67年に、「軍事目的の研究を一切禁じる」とする声明を出し、科学者が軍事技術に協力するのを抑制してきた。さらに、2017年に防衛省が軍事応用できる基礎研究に費用を助成すると発表したことに反発し、「国家安全保障の研究と学問の自由が緊張関係にある」として、前の2つの声明を引き継ぐ意向であるとした。
自民党・長尾敬議員は自身のブログで10月3日、日本学術会議の声明を引用して批判している。議員は、同会は「学問に応じて学問の自由にガイドラインを設けている、とも受け取れる」と政治的な偏向性を疑っている。
こうした日本の安全保障技術に対して非協力の姿勢を示す日本学術会議だが、2015年9月7日、中国科学技術協会と、両機関における協力の促進を図ることを目的とした覚書を締結した。 中国科学技術協会は、中国全土すべての学会と科学館を管理し、国内の科学技術知識の広報に大きな役割を果たす組織だ。