国土交通省大阪航空局から近畿財務局に対し、予算確保が難しいことから、ごみ撤去費用を土地代金から値引きして売買契約を締結する提案がなされた。これを受け、2016年3月30日、買い主側から見積の提示ないし撤去工事がなされる通常の手続きから外れる異例の手続きがとられ、近畿財務局から大阪航空局に対し、ごみ撤去費用の見積り要請がなされた[13][11][15]。

2016年4月6日、大阪航空局から学園に対し、既成分ごみ撤去工事費用等として1億3176万円が支払われた。4月14日、大阪航空局から近畿財務局に対し、新たなごみ撤去費用が約8億2000万円と報告された。6月17日、佐川宣寿が理財局長に就任。6月20日、国と学園の間で、代金1億3400万円とする売買契約が締結された[11]。