財務省「「新成長戦略」における国有財産の有効活用」指針に則り、2015年5月29日、学園と国との間で売買契約ではなく10年間の定期借地契約が締結され、学園により土壌改良及び地中のごみ撤去工事が行われた[13][11]。

2015年7月7日、迫田英典が財務省理財局長に、武内良樹が近畿財務局長に[14]、それぞれ就任。

2016年3月1日、森友学園理事長の籠池泰典と財務省理財局国有財産業務課国有財産審理室長が面会し、籠池理事長から、新たにごみが見つかったとしてごみ撤去要請がなされ、24日には学園代理人弁護士から土地売買契約の申込がなされた[11]。