サラゾスルファピリジンは、女性の妊娠には影響を与えないと考えられているが、男性不妊の原因となることが証明されており、男性には避けるのが通常です。

服用中の男性が挙児を希望する場合にはメサラジンに切り替えるのが一般的である。ただし、サラゾスルファピリジンにより影響を受けた精子が受精に寄与する可能性は低い。