サラゾスルファピリジンにより造精機能障害が起こる可能性があり、精子数減少や精子運動性が低下する。また、動物実験において精子運動能低下、受精率・着床数・胎児生存数低下、精子先体反応の抑制、妊よう性の低下等が報告されている。

サラゾスルファピリジン製剤は、男性不妊の副作用が報告されている。服用開始後2ヶ月程度の段階で精子運動能の低下や精子数の減少などの造精機能異常が起こり、自然妊娠が起こりにくくなる。