職員数の増加

2018年の大都市制度（特別区設置）協議会資料では、特別区設置に伴う体制整備により職員（公務員）が330人増加するとされている[108][111]。
行政サービス水準の差異発生
保有財産や税収、歳出規模の異なる複数の特別区が誕生する[112]ことにより、複数の特別区で行政サービスの差異が発生する可能性がある。