特別区には本来なら市が有する用途地域と呼ばれる都市計画の権限がなく、例えば、閑静な住宅街へのコンビニ出店を避けるための計画の変更も府に陳情する必要がある。そのため、「地域の実情に合わせた都市開発が進められない」とする主張もある[109]。実際、東京都では、東京23区で構成される特別区協議会が特別区制度の弊害を解決するべく、2007年に「『都の区』の制度廃止と『基礎自治体連合』の構想」と題した「特別区を廃止すべき」とする提言を取りまとめている[109][110]。