謝罪文で一番大切なことは二度と同じことは繰り返さない、ということです。
まず、その原因を調べるよりも早くお客様にお詫びの言葉を伝えておくことが大事です。
謝罪文の手紙はその言葉を伝えた後に改めて送るようにしましょう。

このたびはわが社の社員が大変なご迷惑をおかけしたことを深くお詫び申し上げます、という感じでいいでしょう。
社員に対する注意とお叱りの言葉を頂き、大変恐縮に存じます、という感じでもいいでしょう。
とにかくきちんとした誠実な対応が必要です。