当たり前といえばそれまでですが、ファクタリング会社の報酬として手数料が発生します。
借入時の金利に相当するもので銀行金利やノンバンク金利、手形割引の割引率に対して高めに設定されています。

デメリットというよりは調達コストとスピードの優先順位を考える必要があるということです。