最大のデメリットは3社間ファクタリングを利用する場合は売掛先への通知が必要になるということです。

売掛先　＝　クライアント

ですから

クライアントに「貴社の支払を受ける権利（売掛債権）を○○というファクタリング会社に譲渡したので、こちらに入金してください。」と言わなければならないのです。