プロテインCは生理的に重要な血液凝固制御機構であるプロテインC凝固制御系の中心的因子であり、血液凝固因子のプロトロンビン、X因子、IX因子、VII因子などと同様にビタミンK依存性に肝臓で合成される。

トロンビン・トロンボモジュリンはプロテインCを活性化し、凝固を抑制する。ワルファリン投与開始24時間以内は他の凝固因子が抑制されず、プロテインCが低下するために、かえって血栓症をおこすことがある。