ケース1. 「うちの会社は残業代は出ないから」と残業代をカットしている

「採用時に残業代が出ないことを説明した」、「残業代が出ない旨を記載した雇用契約を締結している」などという理由で、残業代を支払わない会社がありますが、これは違法です。

法律には、「任意法規」と「強行法規」の2種類があります。
「任意法規」とは、当事者間の合意があれば、その法規（法律）に優先するルールを定めることができるものです。
「強行法規」とは、当事者間の合意があっても、その法規に優先するルールを定めることができないものです。厳密に言うと、優先するルールを定めることはできますが、そのルールは無効になります。そして、残業代の支払いを定めている労働基準法は「強行法規」ですので、例え「うちの会社は残業代は出ない」というルールが定められていたとしても、つまり、その旨の雇用契約書を締結していたとしても、その旨の説明を受けていたとしても、そのルールは、原則、無効になります。

ケース2. 定時にタイムカードに打刻させ、残業代をカットしている

実際は打刻後に残業をする（させる）ことが判っているのに、とりあえず定時にタイムカードに打刻させる会社がありますが、これは非常に悪質であり、当然、違法です。

風土や慣習によって会社全体でこのような違法行為が蔓延しているのであれば、あなたひとりだけが残業後の実際の退勤時刻に打刻するということは難しいかもしれません。
その場合には、残業後の実際の退勤時刻を証する記録を残しておかなければなりません。

ケース3. 1ヵ月の残業時間上限を勝手に決め、残業代をカットしている

「残業代は1ヵ月につき20時間分までしか払わない」などというルールを定め、残業代を支払わない会社がありますが、これは違法です。

前述の ケース1 にも似ていますが、この場合も強行法規にあたる労働基準法に則り、その旨の説明を受けていたとしても、そのルールは、原則、無効になります。