他にも順位チェックツールがありますけど、GRCは管理画面が使いやすいし、検索結果がわかりやすい！
CSVもダウンロードできるので、レポートしても使えます。
昔はフェレットとか使ってましたけど、最近はこれがいいですね。

※赤いラインがパンダ、青いラインがペンギンアップデートの導入時期です。

どちらかのアップデートのタイミングを境にガクッとアクセスが落ちているようでしたらペナルティを受けている可能性が高いです。
ペンギンかパンダどちらか判断できたら、その原因を探って行きましょう。

ペンギンアップデートかなと思ったら、被リンクを調査。
パンダアップデートかなと思ったら、サイト内の重複コンテンツや低品質のページを調査すると良いでしょう。

なんとか手がかりをつかみたいという方には便利なツールです。
こちらはアナリティクスを導入していることが前提となります。

「検索トラフィック」→「手動による対策」をクリックするとは警告メッセージが表示されます。
手動ではない場合は、「手動によるウェブスパム対策は見つかりませんでした。」というメッセージが表示されます。
手動の場合は、ペナルティを受けた理由を教えてくれるので、原因を探りやすいでしょう。

具体的なところまで教えてくれるわけではありませんが、原因が分かったら修正をかけて、ウェブマスターツールの再申請リクエストを送って下さい。
手動によるペナルティは、２％程度と言われているので、ほとんどのペナルティはアルゴリズムによるものと考えていてよいと思います。

こちらが便利なのは、サイト内はもちろん、外部サイトと比較して、重複コンテンツをチェックできること。
Googleはサイト内のページレベルだけでなく、サイト同士のドメインレベルでもチェックします。
知らず知らずのうちに重複コンテンツが作られるケースもあり、外部サイトのほうがドメインパワーが強い場合は、自社サイトのほうが偽物扱いされることもあります。

まずは、こちらのツールで重複コンテンツをチェックし、削除またはnoindex処理を行いましょう。
外部サイトに削除要請しても対応してもらえない場合は、自社サイトのコンテンツを変更することも考えなければいけませんね。
無料体験板がありますので、気になる方はチェックしてみてください。

「外部への発リンク数」「無作為なリンクプログラム」「アンカーテキストが単語のみ」など、調査は全部で10項目。
危険度を(高)(中)(低)(なし)の４段階で評価してくれます。
外部リンクの概要やアンカーテキストの分散率をグラフで表示してくれるので、視覚的にも分かりやすいですね。
どこに原因があるのか、一目瞭然といった感じです。

ペンギンアップデートによるペナルティは、パンダアップデートに比べ、リカバリが非常に難しいのが特徴です。
不自然な被リンクを発見した場合は、外部サイトに対して、粘り強くリンク削除の要請を行っていくことが必要です。
対応してもらえない場合は、ウェブマスターツールの否認ツールを利用しましょう。
ただし、否認ツールを使ったからといって、ペナルティが解除されるわけでもないようです。