「検索トラフィック」→「手動による対策」をクリックするとは警告メッセージが表示されます。
手動ではない場合は、「手動によるウェブスパム対策は見つかりませんでした。」というメッセージが表示されます。
手動の場合は、ペナルティを受けた理由を教えてくれるので、原因を探りやすいでしょう。

具体的なところまで教えてくれるわけではありませんが、原因が分かったら修正をかけて、ウェブマスターツールの再申請リクエストを送って下さい。
手動によるペナルティは、２％程度と言われているので、ほとんどのペナルティはアルゴリズムによるものと考えていてよいと思います。