大腸壁における癌の浸潤の深さ（深達度）が粘膜と粘膜下層にとどまるものを早期癌，粘膜下層より深く浸潤するものを進行癌といいます。内視鏡的に，安全かつ完全に病変を切除できると考えられる早期癌に対しては，まず内視鏡治療が考慮されます。癌が肛門に近く存在する場合には，肛門からアプローチして癌を取り除くこともできます（局所切除）。いずれも開腹手術よりもからだに負担の少ない方法です。

早期癌として内視鏡的に切除された癌は顕微鏡で検査されます。粘膜内癌（Tis癌：図9参照）はステージ0に分類され，病変が完全に取り切れていることが確認されれば治療が完了します。これに対し，粘膜下層に浸潤する癌（T1癌）には10％前後の確率でリンパ節転移が起こります。さまざまな条件を考えて，リンパ節郭清を伴う腸切除を追加するかどうかを検討します。

癌が粘膜下層に深く浸潤している場合には，内視鏡治療では癌が残ってしまう危険性や，リンパ節転移を起こしている可能性が高くなります。深達度が浅い癌であっても，癌の大きさや，存在する部位によっては内視鏡治療が技術的に困難なことがあります。

ステージ3はリンパ節にまでがん細胞が転移している状態を指します。他のステージとは違い、リンパ節へ転移した数によって「3a」と「3b」の2つの進度に分けられるのが特徴です。

0期〜III期では、主にがんを切除できるかどうかを判断し、切除できる場合には内視鏡治療または手術を行います。切除できない場合には、薬物療法を中心とした治療を行います。IV期の場合は、治療方法を総合的に判断します。

がんが進行するにしたがい再発率は高くなります。粘膜内がんはがんを完全に切除すれば再発は起こりません。固有筋層まで広がったがん（T2がん）では約6％、ステージIIでは約13％、ステージIIIは約30％の再発率です。

ステージII、ステージIIIの大腸がんでは、手術によって、病変部分を含む大腸と、転移の可能性のある範囲のリンパ節を切除します

手術でがんの近くにあるリンパ節を切除することを「リンパ節郭清（かくせい）」といいます。大腸がんができた場所と、手術前の検査から予想されるステージに応じて、どれくらいの範囲のリンパ節を切除するかを決定します。

手術後の病理検査（手術や内視鏡治療などによって採取した病変の組織を顕微鏡で見て詳しく調べること）で、切除したリンパ節にがんの転移があると診断された場合は、再発予防のための化学療法（抗がん剤治療）が勧められます