詐欺師・貝木泥舟（かいきでいしゅう）との対決や、二人組のゴーストバスター影縫余弦（かげぬいよづる）と斧乃木余接（おののきよつぎ）との壮絶なバトルがあった夏休みのその最終日の夜。休み中、大学受験のための勉強は目いっぱいしていたにもかかわらず夏休みの宿題には全く手を付けていなかったことに気づいた高校生阿良々木暦（あららぎこよみ）は、宿題をするためタイムマシンで昨日に戻りたいと言い出した。本人は冗談のつもりだったが、暦の影に封じられた怪異の王・忍野忍（おしのしのぶ）は暦の発言に同意し、時間移動の準備のため北白蛇神社へと向かう。