金融庁検査を乗り切るため、伊勢島ホテル社長の湯浅（駿河太郎）に、先代社長であり自身の父でもある会長の更迭と資産の売却をさせた半沢（堺雅人）。これで伊勢島ホテルが出した１２０億円にも及ぶ運用損失の穴埋めが実現し、不良融資先として分類されるのを回避出来たかに思えた。しかし金融庁検査の最中に、再建の柱ともなるＩＴシステムを構築中の外注先、「ナルセン」が破綻するとの情報が黒崎（片岡愛之助）からもたらされた。
ナルセンが破綻すると、これまで費やしてきた１１０億円以上もの投資が損失となってしまい、伊勢島ホテルは再び窮地に追い込まれる。事態を重く見た銀行幹部は、半沢を伊勢島ホテルの担当から外す方向で話を進めようとする。食い下がる上司の内藤（吉田鋼太郎）に対し、大和田常務（香川照之）は本番の金融庁検査の前に模擬検査を行うことを提案。大和田の息のかかった融資部の福山啓次郎（山田純大）を半沢の後任候補とし、模擬検査で一騎打ちをすることになった。

一方、出向先であるタミヤ電機の不正を追い続ける近藤（滝藤賢一）は、会社から他の会社へ不正に貸し付けられた３千万円の資金の行方を追ううちに、信じられない事実を目にすることになった─。