海に住む、さかなの子・ポニョ。
ある日クラゲに乗って家出をし、人間の住む港に近づいたが、漁船の底引き網と海底のゴミにぶつかってしまい、瓶に頭をつかえておぼれてしまう。崖の上の一軒家に住む少年・宗介は海岸に打ち寄せられたポニョを見つけ、瓶から救出する。