海に住む、さかなの子・ポニョ。
ある日クラゲに乗って家出をし、人間の住む港に近づいたが、漁船の底引き網と海底のゴミにぶつかってしまい、瓶に頭をつかえておぼれてしまう。崖の上の一軒家に住む少年・宗介は海岸に打ち寄せられたポニョを見つけ、瓶から救出する。

魔法と科学が同時に存在する時代。町の小さな帽子屋で働くソフィーは自分に自信が持てない内気な18歳。彼女の住む王国では戦争が起きているが、それも遠い世界の話でしかない。それが魔法使いのハウルの動く城が町外れにやってきた日から変わってしまう。荒地の魔女の意地悪により呪いをかけられ90歳の老婆の姿に変えられたソフィーは家を出て荒野を放浪する。彼女の前に現れた巨大な動く城。

10歳の少女、荻野千尋（おぎの ちひろ）はごく普通の女の子。夏のある日、両親と千尋は引越し先の町に向かう途中で森の中に迷い込み、そこで奇妙なトンネルを見つける。嫌な予感がした千尋は両親に「帰ろう」と縋るが、両親は好奇心からトンネルの中へと足を進めてしまう。仕方なく後を追いかける千尋。