人形屋を営む両親の家に生まれたアリス・マーガトロイド。両親が死去し、一人で生活をしていたある日、１１歳の誕生日の夜に一人の魔女がやってきた。
魔女の言う、魔法を教える学校ホグワーツへの入学を決意したアリスは、夢であった”魂を持った自立できる人形”を作るのを目指して、魔法の世界へと足を踏み入れる。