牛乳と相性のよくない薬も少なくありません。たとえば便秘薬は、牛乳と一緒に飲むと効きが悪くなります。抗生物質の中にも、吸収が悪くなって効果が弱まるものがあります（テトラサイクリン系）。反対に不整脈の治療に使われるジギタリス製剤のように、効果が強まって症状の悪化をまねきかねないものもあります。