鮒ずしはニゴロブナという琵琶湖固有種の鮒を使用して作ります。
ニゴロブナは護岸工事等による産卵場所の減少や、ブラックバスやブルーギルといった肉食性の外来種の増加により
漁獲高が減少しました。
そのためニゴロブナは貴重な存在となり、鮒ずしを作れる数も減少しました。
現在は一定の大きさ以下のニゴロブナはとることが禁止されており、
さらに漁業者の自主規制により6月から12月のニゴロブナ漁は自粛されています。