サイト閲覧・メールの受信・USBメモリやSDカード・P2P等、ウイルスの侵入経路は複数存在します。

セキュリティソフトでそれら全てを監視する設定になっているかを確認しましょう。

ちなみに、情報処理推進機構（IPA）による2010年の調査では、企業でのウイルス感染の最も多い侵入経路は「USBメモリ」だったようです。