これだけ大量に様々な製品にて流通していて大きな事故の報告がないのですから、副作用の危険性は低いと考えて良い（※例外があります）でしょう。

出典 医学的に徹底検証

※抗凝固薬（ワルファリンやヘパリンなど）を服用している患者さんの場合には、コンドロイチンやグルコサミンの摂取で出血リスクが高くなる可能性が指摘されています。