少年バスチアンは、いじめられたり家庭の問題に悩んでいます。彼は現実から逃避するために図書館で見つけた本『ネバーエンディング・ストーリー』を読み始め、物語の中に引き込まれていきます。本の世界、ファンタージェンでは、勇者アトレーユが「無」という謎の存在と戦い、国を守るための冒険に出ます。最終的には、バスチアン自身が物語の中に入り込み、ファンタージェンを救うカギを握ることになります。