まずデメリットとしてあげられるのは「費用」です。
フロアコーティングの費用は、コーティングの種類にもよりますが1部屋10~20万円、30万円以上になるものもあるため、費用面から施工を躊躇する方もいらっしゃいます。
2つ目のデメリットは「剥離・再施工が困難」ということです。
フロアコーティングの種類にもよりますが、ほとんどのコーティングはいったんコーティングを施工すると剥離ができません。施工後、仕上がりが思っていた以上に艶が出て艶感を消したい場合や、施工後数年経過して別のコーティングを新たに施工したくなったときに、元のコーティングの剥離が必要になる場合があります。
3つ目のデメリットは「完全な傷防止は不可」という点です。
強度の強い種類のフロアコーティングもありますが、フロアコーティングは傷や汚れを完全に防ぐものではありません。床面へ硬く重いものを落下させると傷や凹みが付く可能性はあります。