施工不良によって屋根が破損した場合も、修理代を火災保険でまかなうことはできません。

例えば、雨漏りの原因を調べたところ、業者の施工不良が原因だった……という場合、火災保険の補償には含まれません。
その場合は、施工不良を起こした業者に交渉する必要があります。