後鰓目（旧分類 後鰓亜綱）の中では、ウミウシを代表する裸鰓亜目（裸鰓目）やクリオネが属する裸殻翼足亜目（裸殻翼足目）が近縁である。地方によってはアメフラシをウミウシと呼ぶ地域もある。