1983年（昭和58年）6月7日には、千葉県四街道市の成田空港関連の航空燃料用パイプライン輸送敷設工事現場の飯場に放火して、労働者2名を焼死させている（東鉄工業作業員宿舎放火殺人事件）。1984年（昭和59年）10月1日には、佐原市にある成田用水事業の請負業者社長宅を放火（成田用水工事事業者連続放火事件）。社長宅のほかに成田空港問題とは無関係の近接した住宅2棟も全焼させた。これらの「ゲリラ闘争」における一般人の巻き添えについて、中核派は、未だ一つとして被害者遺族らに謝罪も賠償もしていない。
対立党派で宿敵である革マル派との内ゲバも、1980年代に入ると両派ともに組織が「内ゲバ戦争」によって疲弊化したことで徐々に小康化していったが、国鉄分割民営化を巡る過程で、革マル派同盟員と目されていた国鉄動力車労働組合や真国鉄労働組合（真国労）、JR総連の活動家を襲撃するなどした。また、かつて革マル派が行ってきたような大学構内から他党派やノンセクトの活動家を暴力的に排除する「党派による恐怖支配」を、中核派も法政大学・京都大学を始め、各地の大学で強めることになったと語る当時の活動家も存在する。