奈良地裁で裁判が行われ、院長に対しては懲役4年の求刑であった。2010年1月13日、奈良地裁は院長(=理事長)に対して詐欺罪で懲役2年6月の実刑判決を言い渡した。裁判官からは「院長で理事長であり医師である被告が、率先して事件を主導した」「事件を主導し、全額公費負担となる生活保護受給者の診療報酬システムを悪用した」「不正請求を常習的に繰り返し、医療の本分をないがしろにした」と厳しく指摘された。
裁判で用いることができる証拠によって認定され判決文にも書かれていることに限定しても、院長(=理事長)は同病院の当時の事務長とカテーテル納入業者と共謀し2005年から2007年の間に、生活保護受給者8人に心臓カテーテル手術を(していないにもかかわらず)したように装い、(少なくとも)診療報酬計約835万円をだまし取ったことが明らかになっている。(元)事務長とカテーテル納入業者はともに有罪判決が確定した。
判決を受けた院長(=理事長)は大阪高裁に即日控訴したが、同年6月の大阪高裁および9月の最高裁での棄却を経て実刑判決が確定した[7]。