食べ方は塩焼き、干物、味醂干し、田楽、ハタハタ汁、甘露煮、飯寿司(なれずし)など。
深海魚故に鱗が無いことと見た目以上に小骨が少なく、脊椎も身から簡単に離れるため、一匹丸ごとかせいぜい頭を落としただけの状態で煮たり焼いたりすることが多い。鮮度のよいハタハタを焼いた場合、尾びれの付け根で骨を折っておくと頭のほうから脊椎が全部きれいに抜け食べやすい。合わせ味噌を付けて焼く田楽は山形県庄内地方でもよく食べられる。
新鮮なものは、水煮(山形県では湯上げという)にして醤油を付けて食べたり、ハタハタ汁(味噌汁)にもされるが、先に味噌を溶かした汁を作り、最後にハタハタを入れないと煮崩れる。
ハタハタ寿司はなれずしの一種で、保存食となる。取り出して刻んだ野菜などと共に食べる。塩蔵したものや味噌漬けにしたものを煮たり焼いたりして食べることも多い。これらは元々タンパク源(およびビタミンC補給元の生鮮野菜)が少なくなる雪国の冬を乗り切るための重要な食材であった。