ハルヒ本人が「やり残しているものは宿題」だと自力で辿り着く事は確定的に不可能（既に済ましている）であり、またアニメではキョンたちがそれに気付く為のヒントが極端に少な過ぎる訳です。

あえて無理矢理ヒントとして挙げられるとすれば、上記した花火時でのやり取りで、キョンが「三日？！」とハッキリ驚く箇所があります。（原作には無い。）
このキョンの驚愕をハルヒが見逃していない限り、夏休みの宿題に関する引っかかりは双方に少なからず残っただろうと推定可能です。