入省後は主に産業政策・エネルギー畑を歩み、資源エネルギー庁次長などを務めた。嶋田隆氏（現・経産省事務次官）、日下部聡氏（現・資源エネルギー庁長官）と同期で「経産省三羽烏」と呼ばれたこともある。2006年の第1次安倍内閣で、事務担当の首相秘書官に任命された。今井氏の叔父、善衛氏が戦前、通産省が商工省だった時代、商工省次官、大臣を歴任した岸信介（安倍首相の祖父）の部下だったことを知ると、安倍首相は「そうだったの。昔からお世話になっているんだね」と、今井氏に心を開くようになったという。