行政効率の低下

水道事業や児童自立支援施設、保護施設、市立病院、斎場など分割できない行政サービスについては一部事務組合という協同組織をつくり運営することになるが、この一部事務組合が担当する業務は100以上にのぼることになる。このため、反対派は「府、特別区、一部事務組合の三重行政になる」などと批判している[98]。

現行で二重行政と言われているものは、選挙で選ばれた知事と市長が協調せず独自に動く事で起きているとされるが、反対派からは「同構想下でも知事と区長の間で同様の事が起こる可能性がある。さらに現行では府市間の調整で済むものが、同構想下では各区選出の区長間の調整が新たに必要となり、党派や方針の違いがある場合はより調整が困難になる。」との主張もある。