2016年9月現在、長崎県で軍艦島上陸ツアーを行っているのは下記の５つの船会社。

軍艦島コンシェルジュ：株式会社ユニバーサルワーカーズ

軍艦島上陸クルーズ：軍艦島クルーズ株式会社

軍艦島上陸周遊コース：やまさ海運株式会社

軍艦島ツアー：株式会社シーマン商会

端島クルージング：野母崎炭酸温泉Alega軍艦島