長崎市の規定で、波が高く危険な場合は、上陸できない場合があります。その場合は、上陸料(300円)が払い戻しになりますが、クルーズ代金は戻ってきませんので注意してください。
せっかく長崎まで来て、船にまで乗って近くに軍艦島があるのに上陸できない！！というのはとても残念ですが、安全性などのルール上、どうしようもないことですので潔くあきらめましょう。