法人は通常、その法人が生み出した利益をすべて合算したものに税金がかかります。
太陽光発電所の売却価格が「購入した金額－今までの減価償却費の累計」よりも高ければ売却益が出て、他の利益と売却益をプラスしたものに税金がかかります。逆に低ければ売却損が出て、他の利益から売却損をマイナスしたものに税金がかかります。