永久歯が生えそろった頃から始めるのが、二期治療です。
一期治療は、主に成長のコントロールだったことに対して、
二期治療は歯の位置や傾斜を正しく、しっかりとした噛み合わせにすることを目的とします。
治療としてはワイヤーで固定する装置（ワイヤー矯正）や、マウスピース型矯正などを用いて、歯を動かす本格的な矯正を行います。
通常2年位の治療期間がかかります（目安は最後に萌出する第二大臼歯の萌出完了まで）。