性交痛の身体的な要因としては、病気や疾患の可能性があげられます。

子宮内膜症、子宮筋腫、子宮周囲の癒着、子宮内、膣内の奇形、会陰神経(膣口にある)と膣神経(膣上半分にある)と呼ばれる神経が露出してしまい、そこに痛みを感じる、一部膣内に皮膚のかたよりがあるなど