一般的に、売却代金をローンの残債にあてて一括返済するケースが多いです。
住宅ローンを組んでいる際には、抵当権がついていることだと思います。

銀行は抵当権をつけることで、ローンに万が一のことがあったときに回収できるようにしているのです。
ですが、ローンがあって抵当権が付いている場合、そのままでは買ってくれる人はほとんどいません。