認定を受けた住宅については、「住宅ローン減税（住宅ローン残高の1％を10年間にわたって所得税などから控除する制度）」の最大控除額が400万円→500万円に拡大し、「登録免許税」も減税されるなどのメリットを受けられる。「長期優良住宅」の場合はさらに、新築住宅の場合に「固定資産税（家屋）を1/2に減額」する措置が、一戸建ての場合で3年間→5年間に延長されるなどのメリットもある。

つまり性能の高い住宅が増えることで、建築費が上昇するという理由が考えられるわけだ。