自由設計のメリットは、建売住宅のように完成した状態の住宅を買うわけではないため、間取りをある程度自由に設計できるということです。
「ある程度」というのは、土地によって「建築基準」というものが設けられており、間取りがその基準をクリアできない建物は建てることができないのですが、家族の人数などに合わせて間取りを選べるということは、かなり大きなメリットといえます。