ビルトインガレージの間取りにすると１階部分のスペースの大部分が駐車スペースとして奪われてしまいます。

敷地が広ければ問題はありませんが、一般的に多い間取りの１階にリビング、キッチン、バスルームを場合によっては２階以上に設ける必要があります。