ビルトインガレージの面積が延べ床面積の1／5までであれば、容積率を計算する延べ床面積から除外することができます。これがコスト面でどのようなメリットをもたらすのでしょうか？

それはずばり、固定資産税が安くなり、ランニングコストの負担が減るという訳です。何年にもわたり払い続けなければならない税金なので、馬鹿になりませんよ。