初期中絶特有のリスクとしては、子宮内を傷つけてしまうことに起因するトラブルが挙げられます。初期中絶は、子宮内に器具を入れて胎嚢を搔きだすソウハ法か、器具によって吸引する吸引法のいずれかで行われますが、それらの器具で子宮内に細かな傷をつけてしまい、まれにそこから感染症が起きてしまうことがあるそう。非常にまれなケースですが、子宮内壁に穴を開けてしまう“子宮穿孔”が起こるリスクもあります。