浮気調査終了後はどうすればいいのでしょうか？

浮気していなかったら万事解決。勘違いだったということで今まで通りです。浮気調査費用は払いますよ。

浮気確定で証拠もしっかりゲットできた場合はどうするか？

証拠があるので、慰謝料を請求して離婚といった選択ができます。もちろん関係を修復するという選択肢もあります。

浮気の内容やパートナーとの関係によって変わってきます。

別れる場合でも慰謝料を浮気相手にも請求するのか？とか、修復する場合も浮気相手と直接会って話をつけるとか色々です。

探偵会社によっては調査終了後のアフターケアも相談にのってくれるところがあるので、事前に調査終了後の方向性も相談してみてください。