「企業内診断士」とは、どこかの会社に就職して（もしくは既に勤めている企業の中で）、その会社の経営診断をする仕事の事です。
独立診断士みたいにいろんな会社とコンサル契約を交わして仕事をするわけではなく、就職した会社だけを専属で診断するようなスタイルです。