デメリットの品質面に関しては様々です。

インクが詰まりやすい
色がにじむ
乾きにくい
という点があります。
特にインクが詰まりやすいというのはよく聞く問題で、プリンターの故障の直接的な原因になります。

発色に関しては、品質に比べるとそんなに違いは無いという印象です。
少なくともブラインドテストをして、純正と互換品の違いがわかるという人はそうは居ないような気がします。