運営主体は、浄土真宗（真宗大谷派）本山京都東本願寺の龍善寺。
後継者が途絶えても、350年以上の歴史を持つ龍善寺が永代にわたって供養するので安心、


早稲田納骨堂では、故人の遺骨を、参拝所奥の納骨室にお預かりし、原則として33回忌まで骨壺のまま保管。
その後は以下の2通りの方法がある。

・永代供養墓へ合葬
　33回忌を過ぎても永代供養が可能。
　永代供養墓合葬区画に埋葬し、歴代の住職と共に永代供養する。